В 2001 Правительством РФ была утверждена Программа структурной реформы на железнодорожном транспорте до 2010 года, предусматривавшая на первом этапе проведение работ по разграничению видов деятельности и преобразование МПС в ОАО “РЖД”, но втором этапе - создание АО на базе самостоятельных видов деятельности, рост конкуренции в грузовых перевозках,
сокращение перекрестного субсидирования пассажирских перевозок, на третьем - переход большей (60 %) части грузового парка в частную собственность, развитие частной собственности на магистральные локомотивы, развитие конкуренции на рынке грузовых перевозок, продажа акций АО, осуществляющих ремонт и обслуживание, частным собственникам, создание Федеральной пассажирской компании, создание совместно с субъектами РФ пригородных пассажирских компаний и их вывод на безубыточную деятельность.
В конце 2003 в рамках программы по разделению регулирующих и хозяйствующих функций МПС РФ все основные активы последнего были переданы во вновь созданное ОАО “Российские железные дороги”. Прочие перевозчики имеют практически незаметную долю рынка, несущественную (по сравнению с РЖД) сеть дорог (в ряде случаев — изолированную от сети железных дорог России) или вовсе не имеют своей инфраструктуры (а только собственный парк вагонов). В настоящее время железные дороги России эксплуатируются тремя группами игроков. В первую группу входят компании холдинга ОАО “Российские железные дороги”. Вторая группа — это независимые или условно независимые от ОАО “РЖД” операторы, владеющие как собственной инфраструктурой (железнодорожные пути, сигнальная аппаратура и т. д.), так и парком вагонов. Третья группа состоит из компаний, владеющих только подвижным составом. В состав ОАО РЖД на правах филиалов входят 17 железных дорог. Кроме того, в группу РЖД входят также следующие перевозчики:
- ООО “Аэроэкспресс”;
- ОАО “Северо-Западная пригородная пассажирская компания”;
- ОАО “Первая грузововая компания”;
- другие.
Прочие перевозчики, владеющие инфраструктурой:
- ОАО “АК” “Железные дороги Якутии” (50 % в капитале принадлежит ОАО “РЖД”, 50 % — правительству Якутии и другим лицам);
- ОАО “Ямальская железнодорожная компания”;
- ОАО “Норильская горная компания”;
- ОАО “Золотое звено”;
- ООО “Газпромтранс”.