
Были созданы, выведенные из состава РГП, ОАО "Ремпуть", "Желдорстрой", "Казгипрожелдортранс", "Транстелеком", "Центр транспортного сервиса", "Учебно-клинический центр", "Медицинская служба транспорта", "Центральная клиническая больница", "Джусалинский рельсосварочный поезд". Кроме того, в составе РГП "Казакстан темiр жолы" были созданы 10 дочерних государственных предприятий, также занятых обеспечивающей деятельностью.
После многочисленных реорганизаций железнодорожного транспорта Казахстана в марте 2002 г. было образовано Закрытое акционерное общество (ЗАО) "Национальная компания "Казахстанские железные дороги", дополненное 12 открытыми акционерными обществами (ОАО). Сейчас 100% их акций находятся в оперативном управлении ЗАО “НК КТЖ”, которое является единым юридическим лицом с вертикальной (отраслевой) системой управления. Открытые акционерные общества являются самостоятельными юридическими лицами. В настоящее время рассматривается продажа части их акций для привлечения инвестиций. Новым законом установлена единая форма акционирования только в виде акционерного общества, поэтому структуры железнодорожного комплекса должны пройти перерегистрацию.